Здесь
http://journals.ucoz.com/news/2010-05-12-849 прорграмма симулятор EESIM. В папке Examples есть пример Flybacka на UC3844 (можно заменить 3843) Короче - рисуешь схему и получаешь графики работы. Видимо в ней имеются и другие контроллеры питания, у меня пока нет времени разбираться с прогой. Конечно это не Протэус, но кому интересно поиграйтесь.