Боюсь, что с этим контроллером BQ9000 просто отрезать банки не получится. При обесточивании контроллер может уйти в защиту.
Попробуйте отключить от мат.платы батарею с контроллером и напрямую подать 4,4V на контакты питания. Причём "плюс" на контакты разъёма, а "минус" на общую массу, где-нибудь на плате (как вариант корпус USB разъёма).
По
такому принципу.