Вот только ради чего городить такой огород. Проще USB Hub поставить, чтобы вывободить один из USB на мамке. Тем более, что система на CF работает быстрее, чем на USB флешке. А если хочешь достойное решение, поставь SSD диск. Хоть и не дешевое решение, но работает даже быстрее, чем обычные HDD. Посмотрит тут
http://www.pccar.ru/showthread.php?t=6993