Немного попробую посоветовать по отладке.
После включения, сброса или терминальной команды "atz", адаптер сразу же выдает в PC "ELM322 Toyota vx.xx" одновременно мигнет светодиод на 40(сейчас и на 27) пине.
Через 2 секунды мигнут оба светодиода, потому что в PC выводится сообщение "BUS INIT...", а в ECU отправляется запрос на коннект.
Через 0,2 сек, если законнектилось, снова мигнут оба светодиода (означающие вывод сообщения "OK" в PC с одной стороны, с другой стороны - ответ из ECU).
Если попытка коннекта неудачна, то вместо двух светодиодов мигнет только один (D3 по твоей схеме), это в PC выводится сообщение "FB ERROR". Дальше никаких событий на пинах не происходит, адаптер больше не делает попыток подключения: он ждет команды из PC...
Если же адптер сконнектился с ECU (независимо от того, был он подключен он к PC или нет), каждые примерно 4,5сек мигает светодиод D4, а на пине 44 (PB4) осциллом можно наблюдать короткие отрицательные импульсы с периодом 10мс (это остатки от моей отладки программы).
Попутно заметил, что от отладки проги осталось то, что при замыкании вывода 9 (PD3) на землю, скорость обмена с COM настраивается на 38400 бод, а не на требуемые 9600. Поэтому нужно этот пин оставлять свободным (ну, или подключить к питанию). В следующий раз уберу эту приблуду.