Сердечник желательно изолировать от провода, чтобы не повредить лаковое покрытие. По поводу количества витков толстым проводом - я толстым не мотал и поэтому не скажу какой эффект, нужно пробовать, что получится на выходе...
Если уверены, что по линии USB идёт помеха, то можно использовать
USB-изолятор. Очень эффективное средство!